BioWin existe sous la forme d'une ASBL depuis le 19 juillet 2006 (lire les statuts de l'asbl et le Règlement d’Ordre Intérieur). La gouvernance du pôle est confiée à un Conseil de Gouvernance (composé de 4 représentants de PMEs, 4 représentants de grandes entreprises, 3 représentants d'académies et 1 représentant d'une université et 2 représentants du Gouvernement Wallon), aidé d'une Cellule Operationnelle Permanente. Celle-ci peut compter sur le soutien de Task Forces pour préparer les actions liées aux axes stratégiques de développement du pôle.

Une fois par an, BioWin convoque une Assemblée Générale de ses membres qui comprend des représentants de tous les acteurs du pôle. Les décisions stratégiques du Conseil de Gouvernance sont prises sur base de l'avis des membres d'un Comité International d'Appui Stratégique. D'autre part des jurys ad hoc d'experts internationaux sont mis en place pour la sélection des projets soumis en réponse aux appels à proposition.